มหาบาลีวิชชาลัย ได้เปิดสอนภาษาบาลีสำหรับผู้ต้องขังตั้งแต่ปี 2556 ณ เรือนจำอำเภอแม่สอด จังหวัดตาก ในปี 2557 ได้เปิดสอนเพิ่มขึ้นที่เรือนจำกลางบางขวาง จังหวัดนนทบุรี และทัณฑสถานหญิงกลางลาดยาว กรุงเทพฯ และในปี พ.ศ. 2558 ได้เปิดสอนเพิ่มอีกหนึ่งแห่ง ณ เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร กรุงเทพฯ

ทั้ง 4 เรือนจำดำเนินการเรียนการสอนตามปกติตลอดมาและตลอดไปอย่างน้อยที่สุด 15 ปี

นายธฤญเดชา ลิภา อาจารย์มหาบาลีวิชชาลัย ได้ร่างหลักสูตรการศึกษาภาษาบาลีสำหรับเรือนจำไว้เพื่อเป็นแนวทางในการจัดการเรียนการสอนภาษาบาลีสำหรับผู้ต้องขังในประเทศไทย ปัจจุบันจัดสอนได้เพียงบางส่วนตามหลักสูตรนี้ แต่ในระยะต่อไป จะพิจารณาจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรนี้ทั้งหมด